肿瘤系统生物学实验室依托于北京大学系统生物医学研究所，2012年5月经北京市科委正式认定，是北京市唯一一家致力于肿瘤系统生物医学研究的科研机构，在相关领域具备国际领先水平。

       实验室主要采用系统生物学的研究方法和手段探索肿瘤的发病机制和防治手段。我们针对肿瘤进行大规模的基因组、蛋白质组、代谢组以及免疫调控等研究，对其产生的大量数据建模分析，基于生物信息学开展肿瘤的相关研究，揭示肿瘤发生、发展的作用机制，寻找抗肿瘤药物作用的靶点；根据分析获取的生物信息，研发多靶点抗肿瘤药物并且利用表达调控、动物模型、结构分析、药物研究平台等对肿瘤相关靶点进行生物学验证。从而增进人们对肿瘤病理和机制的系统理解，实现肿瘤医学的预测性、预防性和个性化治疗。

       实验室目前已建立基因组学、分子遗传、计算生物学、结构生物学、蛋白质组学、代谢组学研究室、药物研发研究室，干细胞与免疫治疗研究室。拥有高通量测序、蛋白质组/代谢组质谱分析、基因修饰小鼠模型、流式细胞仪、活细胞工作站等科研大平台，为相关研究工作提供了可靠的技术支撑。

       实验室现有40名研究人员，高级职称约占57.5%，其中“973计划”以及“国家重点研发计划”首席科学家2人，国家“杰青”1人，国家“优青”3人，北京市“杰青”1人。